早在20世纪80年代，沈阳农业大学就开始开设农业环境保护方面的课程，并受全国高等农业院校教材指导委员会的委托，编写了全国农业院校首部适用于农科各专业环境教育的《农业环境保护》教材。1993年开始开设环境保护专业（2年制专科）；1995年，不再招收专科生，开设农业环境保护专业；1999年按环境工程专业招收本科生，授工学学士。2004 年获批设立环境工程二级学科硕士点。2006年开始招收环境科学专业本科生。2011年环境工程二级学科被增列为环境科学与工程硕士学位授权一级学科。目前下设环境科学、环境工程2个二级学科。

本学科现有人员 26 人（含理学院教师 7 人），其中教授 5 人、副教授 8 人、讲师 12 人、实验师 1 人。这些人中有辽宁省百千万人才工程百人层次人选 1 人，辽宁省普通高校青年骨干教师 1 人， 辽宁省环境科学与工程专业教学指导委员会委员 1 人，辽宁青年科技奖获得者 1 人，辽宁省高校青年教师教学能手 1 人，辽宁省高级人才2人，沈阳市领军人才 1 人，沈阳市拔尖人才 4 人，沈阳市“五一”劳动奖章获得者 1 人。

本学科依托于“农业部东北地区土壤与环境重点开放实验室”、“辽宁省农业资源与环境重点实验室”等科研与教学平台。目前，拥有实验室面积 2000m²，校内基地 50 余亩，日光温室 1 栋，田间作业室 1000m²，盆栽试验场地 2000m²；有50 万元以上大型仪器设备 20 多台套，总价值超过 4000 万元。

本学科坚持以满足东北地区环境生态建设特别是农业环境保护需求为导向，已初步建设成为立足东北、面向全国，具有一定影响的农业环境科学与工程研究中心与人才培养载体。根据科技和国民经济发展需要，多年来本学科针对东北社会经济发展实际，系统地开展生态环境保护方面的理论与实践研究，具备了良好的研究基础与条件。学科初步形成污染土壤修复与利用、农业面源污染防治、生态环境管理、资源循环利用与碳中和四个方向，以解决东北地区，特别是辽宁省老工业基地振兴、乡村振兴和生态文明建设过程中的环境问题。

近十年，获得国家自然科学基金12项，主持国家重点研发项目子课题7项，国家科技支撑计划1项、子课题10余项，获得省部级课题30余项，总经费近2000余万元。荣获辽宁省科技进步二等奖1项、三等奖1项。发表论文总数200余篇，其中SCI收录论文50余篇出版专著3部。获得国家授权实用新型专利10余项。

近十年，本学科培养学术型硕士研究生200余名，专业学位硕士研究生100余名，本科生900余名；培养国外留学生10余名。

近十年，学科协办学术会议10余次，如中美绿色合作伙伴会议、中美土地利用会议、中韩国际学术研讨会等。学科每年邀请国内外知名学者来院讲学，派出师生参加学术会议。另外，多年来与美国田纳西大学、澳大利亚格里菲斯大学和韩国忠南大学等国外高校保持良好的合作关系。这些活动促进了学术交流，扩大了学科影响，学术声誉得到了国内外同行的认可。